Nguyên tắc mới trong hoàn thuế GTGT đối với hồ sơ có rủi ro

LT GROUP · BẢN TIN THUẾ

Công văn 6936/CT-QLTT: cảnh báo rủi ro tại người bán không được dùng riêng làm căn cứ treo hoặc từ chối hoàn thuế GTGT

Cục Thuế yêu cầu xử lý hồ sơ hoàn theo đúng phần số tiền có rủi ro, không dùng riêng cảnh báo tại F2, F3 để từ chối hoàn, và xác nhận điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế” đã bị bãi bỏ từ 01/01/2026.

Căn cứ pháp lý được rà soát đến ngày 25/09/2026

Một nhà cung cấp cấp hai bỏ địa chỉ kinh doanh. Một người bán trực tiếp chưa nộp tờ khai quý. Một hồ sơ hoàn 10 tỷ đồng chờ xác minh toàn bộ vì một phần nhỏ số thuế đầu vào có cảnh báo. Công văn 6936/CT-QLTT ngày 18/9/2026 của Cục Thuế yêu cầu Thuế các tỉnh, thành phố xử lý thống nhất các trường hợp này theo nguyên tắc quản lý rủi ro theo phần số tiền.

Công văn được gửi Thuế các tỉnh, thành phố, kèm tài liệu “Hướng dẫn một số nội dung trong giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng” để tuyên truyền cho người nộp thuế. Văn bản viện dẫn Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, Nghị định 252/2026/NĐ-CP, Thông tư 89/2026/TT-BTC và Luật số 149/2025/QH15.

01. Cảnh báo rủi ro không phải là kết luận vi phạm

Công văn tách bạch ba loại thông tin: (i) thông tin, cảnh báo rủi ro; (ii) kết quả Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định hồ sơ hoặc một phần số tiền có rủi ro; và (iii) kết quả kiểm tra, xác minh. Chỉ loại thứ ba mới là căn cứ để không hoàn, thu hồi hoặc xử lý vi phạm.

“Thông tin, cảnh báo rủi ro liên quan đến người bán, hóa đơn hoặc chủ thể trong chuỗi cung ứng là dữ liệu đầu vào phục vụ đánh giá, phân loại rủi ro, lựa chọn nội dung cần rà soát, xác minh; không đồng nghĩa với giao dịch [không] phát sinh trên thực tế [hoặc không] có thật, hóa đơn không hợp pháp hoặc số thuế GTGT đầu vào tương ứng không đủ điều kiện hoàn.”

— Mục 1 Công văn 6936/CT-QLTT. Phần trong ngoặc vuông do LT Group bổ sung theo ngữ cảnh và Mục 1 tài liệu hướng dẫn kèm theo, do nguyên văn câu có thể bị hiểu ngược nghĩa.

Việc phân loại được thực hiện trên Hệ thống theo Điều 48, Điều 49 Thông tư 89/2026/TT-BTC. Công chức trực tiếp xử lý hồ sơ không được tự suy diễn từ cảnh báo của người bán hoặc chủ thể trong chuỗi để thay đổi kết quả phân loại (Mục 6.c).

02. Chỉ phần số tiền có rủi ro bị kiểm tra trước hoàn

Với hồ sơ thuộc diện hoàn trước, khi Hệ thống xác định một phần số tiền có rủi ro, cơ quan thuế ban hành thông báo phần số tiền đó thuộc diện kiểm tra trước hoàn. Phần còn lại tiếp tục được xử lý theo trình tự hoàn trước và không phải chờ kết quả xác minh phần có rủi ro. Ngoại lệ là hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn theo quy định của pháp luật; trình tự kiểm tra trước hoàn thực hiện theo Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Điều 48, Điều 49 Thông tư 89/2026/TT-BTC (Mục 2.b).

Phạm vi giải trình, kiểm tra phải gắn với đúng nội dung, giao dịch, hóa đơn cần làm rõ. Cơ quan thuế chỉ mở rộng khi phát hiện thêm dấu hiệu rủi ro trong quá trình xác minh. Trưởng Thuế tỉnh, thành phố được giao rà soát các hồ sơ tồn đọng, kéo dài vì lý do chờ xác minh phần có rủi ro (Mục 6.a).

03. Chuỗi cung ứng F1 – F2 – F3: rủi ro được quy đổi về F1

Người bán trực tiếp xuất hóa đơn cho doanh nghiệp đề nghị hoàn được xác định là F1. Thông tin rủi ro của F2, F3 và các cấp tiếp theo là dữ liệu đầu vào để Hệ thống đánh giá, tổng hợp và quy đổi mức độ rủi ro về F1 theo tiêu chí quản lý rủi ro.

Xử lý thông tin rủi ro trong chuỗi cung ứng · Có thể cuộn ngang trên điện thoại

04. Bãi bỏ điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế”

Khoản 3 Điều 1 Luật 149/2025/QH15 đã bãi bỏ điểm c khoản 9 Điều 15 Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15, có hiệu lực từ 01/01/2026. Công văn khẳng định với kỳ hoàn thuộc phạm vi quy định hiện hành, việc người bán đã kê khai, nộp thuế không còn là điều kiện xác định quyền hoàn của bên mua. Kỳ hoàn trước 01/01/2026 áp dụng quy định có hiệu lực tại kỳ tương ứng.

Tuy vậy, thông tin người bán chưa kê khai, chưa nộp thuế vẫn được cơ quan thuế dùng cùng dữ liệu khác để đánh giá rủi ro và khoanh vùng nội dung xác minh. Thông tin này không làm bên mua mất quyền hoàn, nhưng làm tăng khả năng phần số tiền liên quan bị gắn cờ.

05. Chuẩn bị hồ sơ và phản hồi thông báo giải trình

Cơ quan thuế không công khai tiêu chí, công thức chấm điểm rủi ro. Doanh nghiệp vì vậy không thể biết trước phần nào sẽ bị gắn cờ, và bộ hồ sơ chứng minh giao dịch vẫn là tuyến phòng vệ quyết định. Khi nhận Thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, tài liệu hướng dẫn kèm Công văn nêu doanh nghiệp thực hiện trong 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành Thông báo, theo quy định tại Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Hồ sơ nên chuẩn bị

• Hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán qua ngân hàng cho từng hóa đơn đầu vào có giá trị lớn.
• Chứng từ giao nhận, vận chuyển, phiếu nhập kho và hồ sơ hải quan phù hợp với tính chất từng giao dịch.
• Hồ sơ thẩm định nhà cung cấp F1: trạng thái mã số thuế, hoạt động tại địa chỉ đăng ký, năng lực cung ứng thực tế.
• Bảng đối chiếu phạm vi yêu cầu giải trình với phần số tiền đã được thông báo thuộc diện kiểm tra.

Kết quả cần đạt: mỗi hóa đơn đầu vào trọng yếu đều có bộ chứng từ chứng minh giao dịch có thật, truy xuất được ngay khi có yêu cầu. Với hồ sơ đang bị treo toàn bộ, doanh nghiệp có văn bản đề nghị cơ quan thuế xác định rõ phần số tiền thuộc diện kiểm tra và giải quyết phần còn lại, viện dẫn Mục 2, Mục 3 và Mục 6.a Công văn 6936.

Căn cứ pháp lý

Phạm vi bài viết: thông tin và căn cứ pháp lý được rà soát đến ngày 25/09/2026; tình huống bằng số là ví dụ giả định. Bài viết cung cấp góc nhìn chung, không thay thế việc đánh giá hồ sơ hoàn thuế của một doanh nghiệp cụ thể. Ảnh minh họa được sử dụng theo Pixabay Content License.